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La mission d’observation, comme celle de recherche, est adossée à l’observatoire des sciences de l’Univers (OSU). Une unité mixte de service (UMS830 de l'Université de Stasbourg et du CNRS), dirigée par Frédéric Masson et composée de 19 ingénieurs et techniciens, est la structure d'appui aux services d'observation de l’EOST. Ces services sont groupés en 3 thèmes :

  • Observatoires sismologiques métropolitains regroupant le Bureau central sismologique français (BCSF), le Réseau national de surveillance sismique (RéNaSS) et le Réseau large bande permanent (RLBP), tous deux acteurs majeurs au sein de RESIF (Réseau sismologique et géodésique français), et deux réseaux régionaux de surveillance (vélocimétrie, accélérométrie).
  • Observatoires géophysiques globaux regroupant l’observatoire gravimétrique de Strasbourg (OGS), la sismologie globale, le magnétisme terrestre et la géodésie. L’EOST assure notamment le suivi et le fonctionnement opérationnel de stations géophysiques situées dans les Terres Australes et Antarctiques Françaises et à Madagascar.
  • Observatoires environnementaux regroupant l’Observatoire hydrogéochimique de l’environnement (bassin versant vosgien du Strengbach) et l’Observatoire multidisciplinaire des instabilités de versants.

L’objectif premier de l’UMS830 est de faciliter l'observation pérenne des phénomènes naturels et de rendre accessible les données recueillies à la communauté scientifique.

Au total, l'EOST est impliqué dans dix services d'observation dont il est, soit pilote au plan national, soit partenaire actif. Tous sont labellisés par l'Institut National des Sciences de l'Univers (INSU, CNRS).

Ce sont :