La mission d’observation, comme celle de recherche, est adossée à l’Observatoire des Sciences de l’Univers (OSU). L'OSU bénéficie de l'appui d'une unité mixte de service (UMS830 de l'Université de Strasbourg et du CNRS) dirigée par Frédéric Masson et composée de 19 ingénieurs et techniciens. L’objectif premier de l’UMS830 est de faciliter l'observation pérenne des phénomènes naturels et de rendre accessible les données recueillies à la communauté scientifique.
Les tâches d'observation de l'EOST entrent dans le cadre des Services Nationaux d'Observation (SNO) labellisés par l'Institut National des Sciences de l'Univers du CNRS. Au total, l'EOST est impliqué dans dix services d'observation dont il est pilote au plan national ou partenaire actif. Ils concernent le domaine "Terre solide" et le domaine "Surfaces et interfaces continentales".