La mission d’observation, comme celle de recherche, est adossée à l’observatoire des sciences de l’Univers (OSU). Une unité mixte de service (UMS830 de l'Université de Stasbourg et du CNRS), dirigée par Frédéric Masson et composée de 19 ingénieurs et techniciens, est la structure d'appui aux services d'observation de l’EOST. Ces services sont groupés en 3 thèmes :
L’objectif premier de l’UMS830 est de faciliter l'observation pérenne des phénomènes naturels et de rendre accessible les données recueillies à la communauté scientifique.
Au total, l'EOST est impliqué dans dix services d'observation dont il est, soit pilote au plan national, soit partenaire actif. Tous sont labellisés par l'Institut National des Sciences de l'Univers (INSU, CNRS).
Ce sont :